Le imprese che intendono avvalersi del regime del nuovo Patent box hanno la facoltà di indicare le informazioni necessarie per determinare l'agevolazione in un’apposita documentazione, artcolata in due sezioni.
Il possesso di questa documentazione consente la cosiddetta “penalty protection”, ossia la disapplicazione delle sanzioni (DLgs. n. 471/97, art. 1, c. 2) in caso di contestazioni da parte dell'Amministrazione finanziaria.
La documentazione deve essere firmata dal legale rappresentante o da un suo delegato mediante firma elettronica con marca temporale da apporre entro la data di presentazione della dichiarazione dei redditi. Per il primo periodo di di applicazione dell'agevolazione (2021 per i soggetti "solari") la firma elettronica con marca temporale può essere apposta entro 6 mesi dalla data di avvenuta presentazione della dichiarazione (anche nel caso di dichiarazione "tardiva" nei 90 giorni).
Il possesso della documentazione deve essere comunicato all'Agenzia delle Entrate nella dichiarazione relativa al periodo d'imposta per il quale si beneficia della maggiorazione.